專家信息：

陶士珩，男，1961年生，安徽歙縣人�，F任西北農林科技大學生命科學學院二級教授，博士生導師。西北農林科技大學生命科學學院生物信息學研究中心主任。

教育及工作經歷：

1982年本科畢業(yè)于南京氣象學院農業(yè)氣象專業(yè)。

1985年碩士研究生畢業(yè)于西南農業(yè)大學農業(yè)氣候專業(yè)。

1985年西北農業(yè)大學，從事農業(yè)氣象學教學與科研。

1996年7月晉升副教授。

1998年7月獲西北農業(yè)大學農學博士學位。

1999年6月至2001年5月在復旦大學遺傳學研究所做群體與數量遺傳學博士后研究。

2001年12月晉升教授。

2007年1月至2008年1月赴美國亞利桑那大學進化與生態(tài)學系做訪問學者研究。

教學情況：

主講課程：

本科生課程：《生物信息學》、《進化生物學》。

碩士研究生課程：《高級生物信息學》、《遺傳分析》、《生物信息學》、《分子進化》。

博士研究生課程：《生物信息學研究進展》。

培養(yǎng)研究生情況：

目前已培養(yǎng)碩士研究生50余名，博士研究生10余名；在讀碩士研究生6名，博士研究生5名。

科學研究：

研究方向：

主要從事氨基酸替換特性與插入缺失規(guī)律、蛋白質序列對位評分體系構建、MADS基因家族調控表達網絡構建、互作蛋白質協同進化、基因重要性決定因素指標體系、生物自主突變率進化的計算機模擬實驗等領域的研究。

1、基因組序列分析與信息挖掘。

2、 分子進化與系統發(fā)育。

承擔科研項目情況：

主持國家重點實驗室開放課題3項，博士后基金1項，參與“973”“863”等項目多項。

1、校長基金：CArG元件功能確定與進化研究，主持，2008.11-2011.10。

2、教育部高校博士生訪學研究：哺乳類動物同質段進化模式研究，主持，2008.7-2009.6。

3、上海生命中心：Omicexplorer進化流程分析，主持，2009.4-2011.3。

主要研究內容：

1、蛋白質進化序列比對評分系統的優(yōu)化研究。

2、MADS轉錄因子與順式元件的協同進化研究。

3、基因組同質段進化研究。

4、物種自發(fā)突變適合度分布研究。

科研成果：

近年來致力于生物信息學、分子進化、群體遺傳學等領域的教學與科研工作。 目前主要從事mRNA二級結構動態(tài)變化規(guī)律及其對蛋白質翻譯調控、微生物組學與表型關系、基因水平轉移規(guī)律、病毒基因組與寄主基因組協同進化等方向的理論與計算機模擬實驗研究。主持國家自然科學基金1項，參與“973”項目和“863”項目各1項。

論文專著：

在BMC Bioinformatics, BMC Genomics,等SCI源刊物發(fā)表研究論文20篇，參與編寫專著2部。

出版專著：

1、《生物信息學》，科學出版社，2007年，主編。 

發(fā)表部分英文論文：

1. Hongxia Pang,…S.H.Tao, Statistical Distributions of Optimal Global Alignment Scores of Random Protein Sequences. BMC Bioinformatics 6:257 (15 October 2005)（SCI, IF =5.423）(通訊作者)

2. Jingfeng Chen,…, S.H. Tao. significant positive correlation between the recombination rate and GC content in the human pseudoautosomal region Genome 2006 Volume 49, Number 5, May 2006: 413-419（SCI, IF=2.1）(通訊作者)

3. Jingjing Li, …, S.H. Tao. A New Method for RAPD Primers Selection Based on Primer Bias in Nucleotide Sequence Data. J. of biotechnology 126(2006):415 -423 （SCI, IF=2.687）(通訊作者)

4. Li GL, Tao SH, Wang XJ. Sequence and epitope analysis of surface proteins of avian influenza H5N1 viruses from Asian patients. Chinese Science Bulletin 2006, 51 (20): 2472-2481（SCI, IF =0.783）

5. Li Mingkun,…, Shiheng Tao. Evolution of the Isochore Structure in the Scale of Chromosome: Insight from the Mutation Bias and Fixation Bias. J. of Evolutionary Biology. 2008 Jan;21(1):173-182. Epub 2007 Nov 12. （SCI, IF=3.92）(通訊作者)

6. Gong XD,…, Tao SH. Comparative Analysis of Essential Genes and Nonessential Genes in Escherichia coli K12. Mol Genet Genomics. 2007 Oct 18; Mol Genet Genomics (2008) 279: 87-94 :（SCI, IF=2.978）(通訊作者)

7. Yanhui Fan, … Shiheng Tao Patterns of Insertion and Deletion in Mammalian Genomes Current Genomics, 2007, 8, 370-378 （SCI, IF=0.782）(通訊作者)

8. Yanhui Fan, … Shiheng Tao The rates and patterns of insertions, deletions and substitutions in mouse and rat inferred from introns Chinese Science Bulletin 2008， 53 (18) （SCI, IF =0.77）(通訊作者)

9. Xia Shen, …Shiheng Tao, the correlations of the function and positional distribution of the cis- elements CArG around the TSS in the genes of the Mus musculus Genome, 2009 52：217-221（SCI, IF =1.76）(通訊作者)

10. Qi Shi, …Shiheng Tao, Chimpanzee and Human Intron Comparison Reveals Functional Constraints and Complex Evolution Genetica 2009 （SCI, IF =1.7）(in press) (通訊作者)

11. Wu WW, Huang XT, Cheng J, Li ZG, de Folter S, Huang ZR, Jiang XQ, Pang HX and Tao SH*. 2011. Conservation and evolution in and among SRF-and MEF2-type MADS domains and their binding sites. Molecular Biology and Evolution, 28: 501-511. (SCI, IF="9.872)

12. Jiang XQ, Xu Z, Li J, Shi YY, Wu WW and Tao SH*. 2011. The influence of deleterious mutations on adaptation in a sexual population. PLoS one, 6:e27757. (SCI, IF="4.411)"

13. Li L, Guo Y, Wu WW, Shi YY, Cheng J and Tao SH*. 2012. A comparison and evaluation of five biclustering algorithms by quantifying goodness of biclusters for gene expression data. BioData Mining, 5(1): 1-10. (SCI, IF="2.624))

14. Cheng J, Wu WW, Zhang YW, Li XC, Jiang XQ, Wei GH and Tao SH*. 2013. A new computational strategy for predicting essential genes. BMC Genomics, 14:910. (SCI, IF="4.397)

15. Jiang XQ, Hu SJ, Xu Q, Chang YJ and Tao SH*. 2013. Relative effects of segregation and recombination on the evolution of sex in finite diploid populations. Heredity, 111(6):505-512. (SCI, IF="4.110)"

16. Mao YH, Wang WT, Cheng N, Li Q and Tao SH*. 2013. Universally increased mRNA stability downstream of the translation initiation site in eukaryotes and prokaryotes. Gene, 517:230-235. (SCI, IF="2.196)

17. Mao YH, Li Q, Wang WT, Liang PQ and Tao SH*. 2013. Number variation of high stability regions is correlated with gene functions. Genome Biology Evolution, 5:484-493. (SCI, IF="4.759)

18.Mao YH, Liu HL, Liu YL and Tao SH*. 2014. Deciphering the rules by which dynamics of mRNA secondary structure affect translation efficiency in Saccharomyces cerevisiae. Nucleic Acids Research, 42:4813-4822. (SCI, IF="8.808

19.Chang YJ, Hua Y, Jiang XQ and Tao SH*. 2015. Influences of dominance and evolution of sex in finite diploid populations. PloS one, 10(5): e0128459. (SCI, IF="3.534)

20. Meng XW, Wang C, Rahman SR, Wang YX, Wang AL and Tao SH*. 2015. Genome-wide identification and evolution of HECT genes in soybean. International Journal of Molecular Sciences, 16(4):8517-8535. (SCI, IF="2.862)

發(fā)表中文期刊論文：

[1]韓崗,馬婧,陶士珩,張羽,楊健.厚壁菌門細菌及其祖先蛋白的氨基酸偏好性研究[J].安徽農業(yè)科學,2011,39(30):18408-18410.

[2]馬婧,孫超,陶士珩,韓崗,楊健.基因組偏好影響細菌直系同源蛋白質組成[J].安徽農業(yè)科學,2011,39(26):15848-15854.

[3]王旺田,張金文,王蒂,張俊蓮,司懷軍,陶士珩.馬鈴薯塊莖糖基轉移酶基因的克隆及其RNAi載體的構建[J].作物學報,2011,37(11):1926-1934.

[4]范巍,陳金鋒,陶士珩.基因分型錯誤對病例對照方法估計疾病外顯率可靠性的影響[J].中國衛(wèi)生統計,2010,27(06):567-571+576.

[5]王旺田,張金文,王蒂,陶士珩,季彥林,吳兵.光質與馬鈴薯塊莖細胞信號分子和糖苷生物堿積累的關系[J].作物學報,2010,36(04):629-635.

[6]杜江峰,武永軍,方曉峰,曹君霞,趙亮,陶士珩.生物信息方法預測高粱miRNA及其靶基因[J].科學通報,2010,55(07):553-561.

[7]劉桂玲,陶士珩,朱珊娜,李晨.葡萄病害診斷BP網絡模型關鍵問題研究[J].農機化研究,2010,32(02):13-16.

[8]張銀霞,曹鉆,袁志發(fā),陶士珩.相鄰位點堿基突變的熵性質[J].浙江大學學報(農業(yè)與生命科學版),2010,36(01):43-48.

[9]杜江峰,武永軍,張銀霞,吳磊,陶士珩.信息熵方法大批量分析成熟體及前體miRNA序列的重要位點[J].中國科學(C輯:生命科學),2009,39(04):420-428.

[10]徐琪,吳信生,張學余,包文斌,陳國宏,侯慶文,陶士珩.狼山雞核型參數與生產性能的關系研究[J].中國家禽,2008,30(24):33-35.

[11]范彥輝,陶士珩.用Perl實現在Windows下本地化運行BLAST[J].生物信息學,2008(04):178-179.

[12]范彥輝,師奇,陳金鋒,王文娟,龐紅俠,唐教偉,陶士珩.大鼠與小鼠內含子中插入、缺失與替換的速度與模式[J].科學通報,2008(16):1916-1922.

[13]張子龍,陶士珩,李加納.甘藍型黃籽油菜與黑籽油菜苗期生理特性的比較研究[J].作物學報,2007(05):837-842.

[14]裴國亮,李京敬,王長發(fā),陶士珩.冷暖型小麥基因差異的最佳RAPD反應體系研究[J].安徽農業(yè)科學,2006(13):2993-2995.

[15]李軍,王立祥,邵明安,陶士珩.寧南旱地作物降水生產潛力及其適度開發(fā)研究[J].水土保持學報,2001(S2):125-128.

[16]陶士珩,儲建華,劉曉明,張榮梅,張鎮(zhèn),羅澤偉.應用混合群體的連鎖不平衡信息實現基因定位的解析率分析[J].科學通報,2001(16):1356-1358.

[17]陶士珩,劉曉明,儲建華,張榮梅,杜麗萍,羅澤偉.混合群體連鎖不平衡的衰減速率與基因定位[J].科學通報,2000(21):2274-2280.

[18]張榮梅,杜麗萍,彭志海,儲建華,劉曉明,陶士珩,羅澤偉.多結節(jié)性甲狀腺腫的分子遺傳學研究進展[J].中華醫(yī)學遺傳學雜志,2000(05):58-60.

[19]陶士珩,張榮梅,儲建華,劉曉明,杜麗萍,齊慶遠,羅澤偉.混合群體連鎖不平衡的群體遺傳學模型[J].科學通報,2000(19):2041-2047.

[20]錢允祺,陶士珩,王立祥,廖允誠.土壤濕度的統計特征及應用分析[J].中國農業(yè)氣象,1999(01):3-5.

[21]錢允祺,陶士珩.黃土高原降雨雨滴最終速度的分布律[J].西北農業(yè)大學學報,1998(05):3-5.

[22]陶士珩,王立祥,胡希遠,杜世平.土壤含水率測定的誤差分析及控制[J].干旱地區(qū)農業(yè)研究,1997(02):87-91.

[23]胡希遠,陶士珩,王立祥.半干旱偏旱區(qū)糜子溝壟徑流栽培研究初報[J].干旱地區(qū)農業(yè)研究,1997(01):47-52.

[24]陶士珩,王立祥,胡希遠.西北黃土高原水平梯田冬小麥的水分供應狀況分析[J].中國農業(yè)氣象,1996(03):7-9+13.

[25]蔣駿,許秀娟,陶士珩.寧南半干旱—半干旱偏旱區(qū)農業(yè)氣候特征分析[J].干旱地區(qū)農業(yè)研究,1996(02):88-94.

[26]陶士珩,胡希遠,王俊鵬,杜世平.寧南山區(qū)水平梯田的水分供應訂正函數[J].干旱地區(qū)農業(yè)研究,1995(04):33-39.

發(fā)表會議論文：

[1]杜江峰,方曉峰,陶士珩,武永軍. 生物信息法預測高粱miRNA及其靶基因[C]. 中國植物生理學會環(huán)境生理與營養(yǎng)生理專業(yè)委員會.第六屆中國植物逆境生理學與分子生物學學術研討會論文摘要匯編.中國植物生理學會環(huán)境生理與營養(yǎng)生理專業(yè)委員會:中國植物生理學會,2010:50.

榮譽獎勵：

1、獲省部級科技進步二等獎（第三名）一項。

2、國家科技進步二等獎（集體獎）一項。

3、享受政府特殊津貼專家。

 

媒體報道：

陶士珩對得起教書育人“這碗飯”

 

　　

農業(yè)氣象本科、農業(yè)氣候碩士、作物栽培與耕作學博士、群體與數量遺傳學博士后、美國亞利桑那大學進化與生態(tài)學系訪問學者，翻開生命學院陶士珩教授的簡歷，其跨界研究廣度令人驚訝。對陶士珩來說，這些只是人生履歷的平常事。堅守講臺32年，身為二級教授的他更看重教書育人的主業(yè)。

靜下心來教書

1985年，陶士珩從西南農業(yè)大學農業(yè)氣候專業(yè)碩士畢業(yè)后被分配到西農作教師，雖然并不是自己最初的內心選擇，但既來之則安之，老教師的潛移默化，環(huán)境的耳濡目染，讓他慢慢愛上了這個職業(yè)，也“蠻喜歡教書”。

陶士珩至今清楚地記得，當時的西農，一批德高望重、才華橫溢的老教師奮戰(zhàn)在教學一線。他們講課條理清楚，引人入勝。一次周末的例行學習時間，張嵩午老師介紹冷性小麥及其生物學特征研究，從問題的提出到可能的解釋層層剝繭抽絲，一個半小時，他聽得目不轉睛，全神貫注；錢允祺老師耐心細致指導他從實驗課到理論課的講授，提出青年教師需要5年歷練，才能在有限的時間內給學生傳授富有聯想邏輯的知識體系；王迺信老師的“十大教學法”更是讓他受益匪淺，特別是王迺信“一切經過深思熟慮的東西，表達出來都很明晰透徹，并且不必費力就可以找到表達的語言”也漸漸成了陶士珩的信念。

從此，面對再難、再深的概念與理論，設法用通俗易懂的語言表達，并能找到恰當的例子幫助同學們加深理解，成了陶士珩教師職業(yè)生涯的常態(tài)追求。他主動向老教師請教，學習教學“寶典”，同時投入更多的精力、時間，潛心教學研究，無論是自己學過7年的“農業(yè)氣象學”，還是從零開始的“生物信息學”與“進化生物學”，陶士珩始終抱著精雕細琢的態(tài)度對待課程，對待教學，注重以問題為導向，啟發(fā)引導學生在科學之路上勤奮探索。在他看來，歷史長河中真正在科學史上有價值的文章并不太多，大部分會湮沒于浩瀚的科學海洋中。而教師擔負著教書育人的神圣職責，因此教會學生養(yǎng)成質疑的習慣與能力，要比傳授系統的知識構建更為重要。“教書比工廠制造產品責任更大，產品可以允許一定的不合格率，但我們的產品是人，不合格的社會代價太高�！碧帐跨襁@樣要求自己。

讓人過癮的課程

2001年，結束復旦大學群體與數量遺傳學博士后研究回校后，憑借深厚的數學、物理學功底，陶士珩率先為本科生開設“生物信息學”。此后，又相繼開設了碩士生“遺傳分析”、“生物信息學”、“分子進化”，“高級生物信息學”、博士生“生物信息學研究進展”等課程。

因為所開都是新課，陶士珩邊教邊學，每年根據國內外最新進展、網易公開課、國外大學慕課相關內容等更新教案，尤為強調教學內容與時俱進。他的課堂不是枯燥乏味的照本宣科、常規(guī)老套的填鴨模式，而是思維海闊天空徜徉、智慧火花相互碰撞的空間。啟發(fā)式的教學方法讓他的課堂變得通俗易懂，并成為學生追捧的熱門課程。生物信息學碩士課程在我校網絡教學平臺上點擊量長期占據排行榜第一。

作為一名合格的教師，除了深厚的專業(yè)理論基礎和講課技巧外，寬廣的知識背景與聯想能力也必不可少。2015年，陶士珩為生命學院本科生首開“進化生物學”選修課。第一年幾十人，去年過百人，今年更是出現130余名學生的“爆堂”現象。課堂上，歷史、地理、人文等事例信手拈來，讓學生對進化生物學認識更全、更細、更深。生物技術專業(yè)152班孟德宇說：“陶老師上課很有激情，從自然選擇到大氣環(huán)流，從基因概率延伸到數理統計、博弈論，始終圍繞進化論的核心思想，課程聽得很過癮。”

引導和激勵學生

“吃了教書育人這碗飯，就要對得起這份職業(yè)和工資，更要對得起接受教育的學生�！碧帐跨裥闹姓J可并踐行著這個“常識”，導師王立祥教授“老實做人，認真工作”的教導他更是銘記心中。

陶士珩認為，在互聯網飛速發(fā)展的今天，對接受能力更強、學習能力更強的大學生，如果還是“吃老本”，按照教學大綱規(guī)定的內容照本宣科，學生一定感到無趣。只有以問題為導向，著力培養(yǎng)學生獨立思考能力和科學質疑精神，才能真正對學生的成長和未來有幫助。因此，在為新生專門開設的研討課上，從邏輯學的基本知識構架、現代科學素養(yǎng)的訓練，到理性思維準則的學習與掌握，他都精心設計每個章節(jié)的內容與教學環(huán)節(jié)。章節(jié)伊始，他都會在自己精心制作的PPT上，展示若干問題，鼓勵同學們思考與討論，他則微笑著聽取同學們五花八門的回答，學生熱烈討論之后，再慢慢引導，幫助學生們自己獲得答案。

研究生培養(yǎng)中，陶士珩不會給他們命題“作文”，而是著力發(fā)掘學生的研究興趣，鼓勵他們自由探索、發(fā)散思維，或者借助互聯網上的論壇，在與同行的交流中，產生科研火花。學生遇到困境時，他會從自己的角度出發(fā)，啟發(fā)式提出解決問題的方法，供他們參考，但同時盡自己所能幫助學生。曾獲“吳瑞獎學金”、現在美國印第安納大學從事基因組分析博士后研究的姜小倩談起老師，至今感受至深：“是陶老師將我引入了運用計算機模擬理論與方法研究生物進化的全新領域，以他“潤物細無聲”的方式教育、幫助了我完成了碩士、博士階段學習與研究訓練。之后又“洪荒之力”幫助送我走出國門，圓滿做到了良師益友的角色。遇到陶老師，是我人生的榮幸�！�

從把教師作為職業(yè)到成為事業(yè)追求，其間的過程，陶士珩苦樂自知。教學工作量最多時，他同時上3門不同的課程，每年的PPT都要補充修改完善，一節(jié)課通常要花費3—5倍的時間備課。上課前，利用晚上讓所講內容在腦中過個“電影”，然后仔細琢磨怎樣講才能更生動、更有趣，激發(fā)學生的思維。

開拓生物信息學研究先河

陶士珩認為，交叉學科不是簡單的知識交叉，而是知識、手段、工具、見識的交叉，通過抽繭剝絲，沿著研究主線走下去，成長為新的學科交叉點，最終成為新的學科。

陶士珩回校后，郭藹光教授力主其徹底融入生物化學與分子生物學學科，并竭盡全力支持、鼓勵他從事當時還很稚嫩但有廣泛前景的生物信息學領域教學與科研。在學校、學院支持下，在我校建立了“生物信息學”系列課程體系，并成立生物信息學研究中心。中心起步時一無資金，二無人員，用同事龐紅俠的話說簡直就是一窮二白。陶士珩帶領研究生先從公共數據庫下載數據，從中挖掘有用信息，之后，又與相關院系教師緊密合作，有效整合、挖掘農業(yè)、生物學數據，十余年來發(fā)表SCI論文30余篇，并成功爭取到生物信息學碩士點、博士點。

在學生眼中，陶士珩天性純真，整天笑瞇瞇的，像個老頑童，一點沒有導師的架子，但學術上一絲不茍。遇到學生數據處理粗糙或者態(tài)度不夠端正，雖然批評的語氣比較和緩，但原則問題則絕不含糊，一定要求學生改到位才能過關。

在2015級博士生李相辰眼里，陶士珩還是個“暖男”。中國傳統節(jié)日，陶士珩會與學生一起過節(jié)。實驗室出錢給大家買水果、每周到體育館打球的習慣堅持至今。每天的課間操時間，他會把學生趕到樓道集體做廣播體操，下班攆著去球場，自己更是率先垂范，不僅是今年校運會60米老年組冠軍，平時騎自行車上下班更是常態(tài)。

只要不出差、不回老家，陶士珩就泡在辦公室，周六、周天也不例外，這里可謂另外一個“家”。兩張書桌，一個兼做床的簡易沙發(fā)，順著管道一直攀爬到頂的生機勃勃的綠蘿，一盆艷麗的金魚花為辦公室增添了溫馨和暖意。閑暇之余，他也會隨意練練毛筆字，喝喝茶，但對教學科研的熱情和投入卻一如既往，這讓56歲的陶士珩看起來更年輕、更有活力。