專家信息：

林魁，男，1963年7月出生，北京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教授，博士生導(dǎo)師。

教育及工作經(jīng)歷：

1983年本科畢業(yè)于蘭州大學(xué)數(shù)力系。

1990年蘭州大學(xué)理學(xué)碩士畢業(yè)(應(yīng)用數(shù)學(xué))。

1997年蘭州大學(xué)理學(xué)博士畢業(yè)(理論生態(tài)學(xué))。

1998年1月 - 1999年1月在新加坡國(guó)立大學(xué)生物信息學(xué)中心(BIC, NUS)作博士后。

1999年2月 - 2000年1月在新加坡國(guó)立大學(xué)生物信息學(xué)中心(BIC, NUS)工作(Research Fellow)。

2000年2月 - 2001年10月在新加坡分子與細(xì)胞生物學(xué)研究所(Institute of Molecular & Cell Biology)工作(Research Fellow)。

2001年11月 - 2002年8月在新加坡基因組研究所(Genome Institute of Singapore)工作(Research Scientist)。

2002年8月－2007年6月, 北京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院副教授。

2007年7月至今北京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教授 。

社會(huì)兼職：

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教學(xué)情況：

主講課程：

“生物信息學(xué)(Bioinformatics)”。

“分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)專題”。

“Linux系統(tǒng)”、“Perl程序語(yǔ)言設(shè)計(jì)”。

“生物信息學(xué)(Bioinformatics)”。

培養(yǎng)學(xué)生情況：

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科學(xué)研究：

研究方向：

主要從事生物信息學(xué)( Bioinformatics )、高性能計(jì)算( High Performance Computing )的應(yīng)用研究。

承擔(dān)的科研項(xiàng)目情況：

1、國(guó)家自然科學(xué)基金委資助項(xiàng)目 《基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域插入事件的結(jié)構(gòu)域架構(gòu)進(jìn)化研究》（30571037）（2006-2008年）

2、教育部科學(xué)技術(shù)研究項(xiàng)目 《蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)及其生物信息學(xué)分析環(huán)境》（105011）（2005-2007年）

3、留學(xué)回國(guó)人員科研啟動(dòng)基金（2004年527號(hào)）

4、863國(guó)際合作項(xiàng)目《蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)及其應(yīng)用》（2003AA231030）（2004年）

5、教育部“優(yōu)秀青年教師資助計(jì)劃”《基因功能分類的數(shù)據(jù)挖掘研究》（2004-2006年）

6、國(guó)家自然科學(xué)基金《機(jī)器學(xué)習(xí)在基因功能分類中的應(yīng)用研究》（30240026）（2003年）

科研成果：

多細(xì)胞生物起源及其與癌發(fā)生的比較研究 牛登科; 林魁; 張大勇 【科技成果】北京師范大學(xué) 2009-01-01

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發(fā)明專利：

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論文專著：

出版專著：

1 Lin K, Liu JH, Miller L, and Wong L. Genome-wide cDNA Oligo Probe Design and its Application in Schizosaccharomyces Pombe. The Practical Bioinformatician, edited by Limsoon Wong. Chapter 15, pp347--358. World Scientific, New Jersey, May 2004.

2 Kolatkar P and Lin K. Construction of Biological Databases: A Case Study on the Protein Phosphatase Database (PPDB). The Practical Bioinformatician, edited by Limsoon Wong. Chapter 18, pp401--416. World Scientific, New Jersey, May 2004.

3 Kolatkar P and Lin K. PPiDB - A Protein-Protein Interactions Database. CONFORMATIONAL PROTEOMICS of Macromolecular Architecture edited by R Holland Cheng & Lena Hammar (Karolinska Institutet, Sweden). Chapter 19, pp391--402. World Scientific, Singapore, June 2004.

發(fā)表論文：

英文：

1 Qing-Lan Sun, Hong-Jun Zhou, Kui Lin*. (2005) The Evolutionary Relationship of the Domain Architectures in the RhoGEF-containing Proteins. Genomics, Proteomics & Bioinformatics (GPB). 3:94-106.

2 Kui Lin* and Da-Yong Zhang (2005). The excess of 5’ introns in eukaryotic genomes. Nucleic Acids Research 33:6522-6527. [Online PDF]

3 Xu Peng,R. Krishna Murthy Karuturi,Lance D. Miller,Kui Lin ,Yonghui Jia,Pinar Kondu, Long Wang,Lim-Soon Wong,Edison T. Liu,Mohan K. Balasubramanian,and Jianhua Liu. (2004). Identification of Cell Cycle-regulated Genes in Fission Yeast. Mol. Biol. Cell 10.1091/mbc.E04-04-0299.[Online PDF]

4 Zhang DY, Lin K, Hanski I.(2004). Coexistence of cryptic species. Ecology Letters . 7:165-169. [Online abstract]

5 Lin K , Tan SB, Kolatkar PR, Epstein RJ.(2003). Nonrandom intragenic variations in patterns of codon bias implicate a sequential interplay between transitional genetic drift and functional amino acid selection. J Mol Evol. 57(5):538-545. [PubMed]

6 Niu DK, Lin K *, Zhang DY.(2003). Strand compositional asymmetries of nuclear DNA in eukaryotes.J Mol Evol. 57(3):325-34. [PubMed]

7 Ng SK, Zhang Z, Tan SH, Lin K. (2003). InterDom: a database of putative interacting protein domains for validating predicted protein interactions and complexes. Nucleic Acids Research 31 (1):251-254. [PubMed]

8 Lin, K. , Kuang, Y.Y., Joseph, J.S. & Kolatkar, P.R. (2002) Conserved codon usage composition of ribosomal protein-coding genes in Escherichia coli, Mycobaterium tuberculosis and Saccharomyces cerevisiae: lessons from supervised machine learning in functional genomics. Nucleic Acids Research 30(11):2599-2607. [PubMed]

9 Epstein, R.J., Lin, K. & Tan, T.W. (2000). A functional significance for codon third bases. Gene 245(2):291-298. [PubMed]

10 Kangueane, P., Sakharkar, M.K., Lim, K.S., Han H., Lin K. , Chee, R.E. & Kolatkar, P.R. (2000). Knowledge based grouping of modeled HLA peptide complexes, Human Immunology 61:460-466. [PubMed]

11 Lin, K. , Ting, A., Wang, J.R. & Wong, L. (1998) Hunting TPR domain using Kleisli. Proceedings of 9th Workshop on Genome Informatics, Tokyo, Japan, 173-182. [PubMed]

12 Zhang, D.Y. & Lin, K. (1997). The effects of competitive asymmetry on the rate of competitive displacement: how robust is Hubbell’s community drift model? Journal of Theoretical Biology 188:361-367.

中文：

1 高等學(xué)校生命科學(xué)數(shù)字化教育環(huán)境與平臺(tái)建設(shè)淺析 劉建武; 王英典; 林魁; 葛劍平 北京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 【期刊】中國(guó)現(xiàn)代教育裝備 2005-05-15

2 miRNA與其靶mRNA的相互作用:綁定位點(diǎn)的質(zhì)量與數(shù)量特征的整合計(jì)算分析(英文) 付聰; 林魁 北京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展 2009-05-15

3 淺談微生物基因組的進(jìn)化研究 林魁 北京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 【期刊】生物學(xué)通報(bào) 2008-05-20

榮譽(yù)獎(jiǎng)勵(lì)：

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